home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ Inside Indy 1993 / Inside Indy 1993.iso / demos / CHEM / ribbon / data / calmod.notes < prev    next >
Encoding:
Text File  |  1993-06-23  |  2.8 KB  |  94 lines
  1.  
  2.                 calmod model
  3.  
  4.     Data Files:
  5.  
  6.     The calcium binding protein calmodulin solved in this laboratory 
  7.     was taken from the Protein Data Bank (code is "3CLN").
  8.     The file was edited to remove all but the main reference and protein
  9.     and calcium atoms and named "calmod.pdb".
  10.  
  11.  
  12.     A secondary structure assignment was made based on H-bonding:
  13.         pdb-pro-pdb calmod.pdb calmod.ss
  14.  
  15.     This file was then edited to replace the 'S' at the ends of
  16.     the sheets with an 'A' to produce "arrows" on the sheet.
  17.     ( at Babu's advice, set 26-28,  62-64,  99-101,  135-137 to sheets,
  18.       and lengthened helices 4 and 6 by one residue, helix 8 by 2. )
  19.  
  20.     The *.ribbons file consists of only one filename:
  21.         ls calmod.ss > calmod.ribbons
  22.  
  23.     This file was then edited to add a special color file, "protein.color".
  24.  
  25.     The *.coords file consists of only one filename:
  26.         ls calmod.pdb > calmod.coords
  27.  
  28.     The calcium atoms were separated placed in a separate file:
  29.         GREP HETATM calmod.pdb > calmod_cal.pdb
  30.  
  31.     The calciums were turned into silver spheres (color-11)
  32.         pdb-range-sph calmod_cal.pdb calmod_cal.sph
  33.         ( input line-1 at terminal:   1 4 11  )
  34.         ( input line-2 at terminal:   ctrl-D  )
  35.  
  36.     The *.atoms file consists of only one filename:
  37.         ls calmod_cal.sph > calmod.atoms
  38.  
  39.     The cylinders to model the helix were created in several steps.
  40.     First, a list was prepared of the residue ranges in the helices:
  41.         ss-hx-range  calmod.ss  calmod_hx.run
  42.  
  43.     Next the alpha carbons in these ranges are fit to ideal helics:
  44.         pdb-hx-fit calmod.pdb calmod_hx.run > calmod_hx.fit
  45.  
  46.     Finally the fit output is converted to bond format:
  47.         hx-dipole-cyl  calmod_hx.fit  calmod_hx.cyl
  48.  
  49.     The *.bonds file consists of only one filename:
  50.         ls calmod_hx.cyl > calmod.bonds
  51.  
  52.     The *.ss file was enhanced to include coloring by equivalent
  53.     helices in the domains and by mainchain dihedral values.
  54.  
  55.     The file calmod_hx.run was edited to chose colors for the ranges,
  56.     then a new *.ss file was created (the old thrown replaced):
  57.         pdb-range-ss calmod.ss new.ss
  58.         mv new.ss calmod.ss
  59.  
  60.     Next "rama" and "omega" keys were added:
  61.         pdb-rama-ss calmod.pdb calmod.ss
  62.  
  63.     The *.model file was generated:
  64.         pdb-model calmod.pdb calmod.model
  65.  
  66.     The protein ribbon model, plus atoms, plus "bonds" is now ready 
  67.     for display.
  68.  
  69.     
  70.  
  71.     Image File:    calmod.rgb
  72.  
  73.     The model was displayed with default settings on the Ribbon Panel
  74.     for everything except:
  75.         Chain Color = "15"    (gold)
  76.         Helix Style = "Circle"
  77.         Coil Style = "Circle"
  78.         Ribbon Threads = "13"
  79.         Ribbon Samples = "13"
  80.         Sheet Width = "4.0"
  81.         Helix Width = "1.3"
  82.         Helix Depth = "1.3"
  83.         Coil Width  = "1.7"
  84.         Coil Depth  = "0.3"
  85.     The color #11 (silver) was modified with the Color Panel to
  86.     add Blue Emission, to produce the glowing calcium atoms.
  87.     The Geom Panel had the default settings except:
  88.         Sphere Radii = "1.25"
  89.         Bond Radii   = "1.35"
  90.         Cylinder Depth = "24"
  91.     The image was saved from the Geom Panel.
  92.  
  93.         13
  94.